La primera noticia que se tiene de esta villa data del año 927, cuando el Cartulario de Santa María de Puerto ( Santoña ) cita varias iglesias, monasterios o ermitas, como la de San Juan en Rís, en territorio de Noja. Y es que, como tantos otros pueblos de Cantabria, Noja comenzaría a levantarse en torno a un monasterio, citado en este mismo cartulario en el año 1084, llamado San Pedro de Nogga, que con el tiempo sería el único que consiguió crecer y convertirse en lo que hoy es la iglesia parroquial de esta hermosa villa.

Ya en la Edad Media numerosos documentos citan los diversos barrios que forman Noja, como son: Cabanzo, Fonegra, Ris y Trengandín. Desde 1085 tanto de, la villa poseía un concejo o asamblea general ( una de las más antiguas de Cantabria ) formada por los cabeza de familia. Este concejo era el que detentaba el poder efectivo del lugar a través de los funcionarios elegidos por votación entre los habitantes. El máximo representante municipal era el procurador, pero no había alcalde, este cargo lo detentaba el llamado alcalde mayor de la Junta de Siete Villas, una de las cinco en que se dividía la Merindad de Trasmiera. Esta Junta estaba compuesta por Isla, Arnuero, Castillo, Ajo, Bareyo, Güemes, Meruelo, Soano y Noja.

No es fácil conocer cómo sería Noja en la época tardomedieval: la iglesia de San Pedro, entonces más bien una pequeña ermita, los arenales de Ris con la ermita de San Juan y la torre de Venero, y las zonas de Cabanzon, Fonegra, Trengandín y la Rota, en las que se asentaría una escasa y diseminada población. A su lado, la torre de Castillo y en las proximidades un hospital para peregrinos.

Esta situación se mantiene hasta el año 1644, en que el pueblo de Noja, solicitó al monarca Felipe IV su separación de la Junta de Siete Villas y obtener el título de villa para poder elegir alcalde de entre sus vecinos para lo que alegaron "la cantidad de molestias y bexaciones que recibían de los alcaldes de la Junta quienes, al no ser naturales de Noja, aprovechaban cualquier oportunidad para sancionar las faltas más leves con el único fin de recaudar dinero".

Otro argumento utilizado fueron los servicios prestados a la corona en las guerras, su constante defensa de la costa y de las poblaciones vecinas y un donativo a la Hacienda real de 500 ducados. Apenas un mes después, Noja obtiene el título de Villa y se separa de la tutela de la Junta de Siete Villas.

Una buena manera de saber como era Noja a mediados del siglo XIX es a través del Diccionario Estadístico de Pascual Madoz: "villa con ayuntamiento del partido judicial de Entrambasaguas. Situada en terreno llano con libre ventilación y clima saludable. Tiene 148 casas, escuela de primeras letras a la que asisten 40 niños de ambos sexos, iglesia parroquial de San Pedro con cuatro curas para su servicio, dos ermitas ( San Juan Bautista y San Sebastián ), dos capillas públicas con la advocación de San José y Santa Bárbara y buenas aguas potables. En el barrio de la Elguera distante un cuarto de legua del resto de población había también dos ermitas dedicadas a Santa Catalina y San Nicolás. Confina el término con los de Santoña, Castillo, Arnuero y Suano, bañando el mar Océano su parte este, el cual forma el golfo del mismo nombre de la villa; esta costa empieza en el extremo noreste del monte Brusco que la separa de la Berria, y concluye a los tres cuartos de legua corriéndose al norte hacia el cabo de Quejo.

Es notable por confundirse la iglesia de la villa, distante cuatrocientos pasos de la playa, con el castillo de la Mota de San Sebastián cuando se mira desde el mar, y porque los barcos que se aproximan, ya engañados con la referida apariencia, ya por no poder evitar, perecen sin remedio en los grandes y continuados arrecifes que la guarnecen"