En la plaza de la villa se haya la iglesia parro- quial de San Pedro, de estilo gótico transmerano, construida sobre un antiguo monasterio, edifi- cado durante la repoblación, cuya fundación dataría de antes del año 1.000 y que dió lugar a la formación de la villa. La iglesia que vemos actualmente comenzó a levantarse a partir del año 1500, aunque a finales del siglo XVI se le añadieron capillas. En el siglo XVII se levanta la torre de estilo barroco. 

El nombre de San Pedro procede del santo San Pedro Ad Víncula ( San Pedro Encadenado ), cuya imagen se conserva en la ermita de San Pedruco y antiguamente era transportada en procesión desde la isla de Rís hasta esta iglesia para hacer rogativas del tiempo. Actualmente son sus patrones San Emeterio y San Celedonio que presiden el altar mayor y son sacados a hombros por sus fieles en la procesión que se celebra en las fiestas patronales a finales de Agosto.

La torre de la iglesia es uno de los símbolos más destacados de la villa de Noja. La lejanía de los diferentes barrios de Noja, explica que se construyera una espectacular torre en su parroquia, como un faro bien visible desde todos los términos de la villa. Incluso pudo servir como referencia a los marinos. Pascual Madoz, en su diccionario de mediados del siglo XIX decía que la iglesia de Noja se confundía con el castillo de la Mota de San Sebastián ( de Hano ) cuando se mira desde el mar. Esta torre es una de las más interesantes del barroco en Cantabria y fue construida por Pedro del Pontón Setién, de Galizano.

En el interior de la iglesia está el monumento funerario de doña María Fernández de Isla y don Gonzalo de Velasco, situado en la capilla de la izquierda. Fueron labrados en 1610 y destaca la figura femenina con vestido cortesano y tocado, para evitar estar descubierta en la iglesia. Son interesantes también, las capillas de Nuestra Señora, San Miguel, la Capilla de la Santa Cruz y el Retablo Mayor.

Sobresale de esta construcción la antiquísima torre de Castillo, que data del siglo XIV. Es uno de los testimonios más directos de las guerras de banderías que en el siglo XV enfrentaron a los principales linajes de Cantabria. En la portada se lee la inscripción "Casa y solar de Castillo, cabeza de bando de negretes, hermana de la que está sita en Castillo, de las cuales fue dueño Juan Alonso de Castillo y sucedió en esta su hijo Rui Diaz de Castillo". La alusión a los Negretes hace referencia a las antes citadas luchas señoriales de finales de la Edad Media.

La torre se hallaba prácticamente arruinada en el año 1721 y pertenecía a doña Clara de la Pezuela, que la puso en venta. El caballero de Santiago don Pedro de Velasco Castillo, no desaprovechó la oportunidad de comprar la torre de sus antepasados, la reparó, y construyó la casona anexa que vemos hoy, del siglo XVIII, compuesta por dos cuerpos cuadrangulares en cuyas fachadas podemos ver las armas de Velasco Castillo.

El hijo de Pedro, Iñigo Velasco Castillo, primer marqués de Velasco, concluyó la obra. Su hermano, Luis Vicente de Velasco, insigne marino que murió en Cuba en 1672 nació aquí. Hoy, la torre y la casona forman un bellísimo conjunto situado en la plaza de Noja, en un hermoso parque.

Como decíamos, podemos ver en ambos cuerpos de la casona, magníficos escudos barrocos:

Bajo la corona de marqués y sostenido por dos soldados vemos escudo con siete órdenes de veros ( armas de Ve- lasco ) y castillo junto a un árbol, y a la puerta dos lebreles ( armas de Castillo ).

Dos escudos le flanquean. A la izquier- da, grifo rampante y torre ( armas de Santelices ) y a la derecha, tres flores de lis y tres hoces, en punta, ondas de mar ( armas de Fernández de Isla ).

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