Más tarde se escindiría en otras dos merindades, trasladándose la capital de Liébana a Potes, donde desde finales del siglo XII tenía lugar un gran mercado. 

La Merindad de Aguilar de Campoo englobaba la comarca de Campoo y territorios cercanos en Palencia y Burgos con capital en Aguilar. Posteriormente habría una Merindad de Campoo más reducida con capital en Reinosa, localidad con importante mercado y cruce de caminos. 

La Merindad de Asturias de Santillana agrupa territorios cánta- bros únicamente.

De Oeste a Este abarcaba desde la cuenca del Deva hasta la bahía de Santander y de Norte a Sur llegaba desde la costa hasta Picos de Europa, Peña Sagra, Sejos y montes pasiegos. La capital era la villa de Santillana, sede del dominio monástico de Santa Juliana, potenciada por el fuero de Alfonso VIII en 1209.

La Merindad de Castilla Vieja englobaba a la Merindad de Trasmiera ( zona oriental de Cantabria ), así como la co- marca del Norte de Burgos ( denominada Castilla Vieja ). La capital debía ser Medina de Pomar hasta que en 1560 se traslada a Villarcayo. Las juntas de Trasmiera se reu- nían en Hoz de Anero ( Ribamontán al Monte ), bajo una encina que todavía hoy existe.

También se ha hablado sobre la existencia de la Merindad de Vecio, que englo- baría la parte más oriental de Cantabria ( Liendo, Guriezo, Castro... ) y la más occidental de Vizcaya. 

Estas merindades eran gobernadas por un merino o delegado real, hasta que a finales del siglo XIV aparece la figura del corregidor, representantes reales que podían controlar varias merindades. De esta forma, a partir de 1396, un corregi- dor gobernaba las merindades de Asturias de Santillana, Campoo y Liébana y a otro se le asignaron las Cuatro Villas de la Costa y la Merindad de Trasmiera.

Las batallas navales de las Villas de la Costa

El poder naval de las villas de la costa no solo se puso de manifiesto el siglo XIII con la reconquista de territorios musulmanes como Sevilla, Tarifa, Málaga o Cartagena. Durante el siglo XIV continúa el desarrollo de la "Hermandad de las Cuatro Villas" que desde 1296 se había unido a la "Hermandad de las Marismas" que reunía a los puer- tos de Vizcaya y Guipúzcoa. A lo largo del siglo XIV, las villas vizcaí- nas van recibiendo sus fueros y comienzan a competir duramente con las cántabras. Esta unión venía atacando, junto con las flotas flamen- cas, las costas inglesas. 

En 1350 se libra una batalla naval frente a Winchelsea con más de 50 buques aliados. Eduardo III de Inglaterra pactaría con los puertos cántabro-vascos para que no estorbasen el comercio marítimo inglés. No fue el único incidente con los ingleses. Tras la boda de las hijas de Pedro I con los hijos de Eduardo III, éste reclamó para uno de ellos la Corona de Castilla. El Reino de Castilla se negó y envió 12 ga- leras de la Hermandad para tomar La Rochela, en la costa francesa, de la que salieron vencedores. Cuando parecía que los ingleses pre- paraban un contraataque sobre Santander, volvió a salir la flota castellana, obteniendo nuevas victorias.

Los conflictos de los linajes: Siglos XIV - XV

Así como la Alta Edad Media se caracterizó por el poder de los dominios monásticos ( señoríos de abadengo ), la Baja Edad Media supone el dominio de los señoríos laicos, mientras que los monasterios pierden su poder, perdurando solo en Santillana y Santander. 

En el siglo XIII los caballeros que participaban en la empresa de la Reconquista recibieron nu- merosas cesiones en forma de territorios, dere- chos fiscales y jurisdiccionales. Aún con la Re- conquista estancada hasta el siglo XV, las gue- rras dinásticas por el reino de Castilla favorecían estas cesiones para los caballeros que apoyaran la causa adecuada. El principal dominio laico de Cantabria fue el de La Vega, con su centro en el solar de este nombre, donde tenía una torre defensiva que con el tiempo daría lugar a la actual ciudad de Torrelavega.

Garci Laso de la Vega I fue el primero de una dinastía de señores feudales que alcanzó su máximo poder en el siglo XV, con Leonor de la Vega, dueña de media Cantabria. Leonor de la Vega se casó con dos de los hombres más ricos de la época, Juan Téllez ( nieto de Alfonso XI, señor de Aguilar de Campoo, Castañeda y Peñamellera ) y el almirante Diego Hurtado de Mendoza ( con posesiones por Castilla ), acrecentando sus ya estensos dominios.

Su hijo, Iñigo López de Mendoza recibió del rey Juan II en 1445 el Marquesado de Santillana, precedida por la conquista militar de la villa, aplastando la resistencia del abad y de los habitantes. Algo similar intentó hacer su hijo Diego con Santander, aunque con re- sultado bien diferente.

En 1466 Enrique IV dona la villa de Santander al segundo marqués de Santillana, Diego Hurtado de Mendoza, que ante la resistencia de los habitantes trata de ocuparla por la fuerza. No obtuvo éxito ante unos santanderinos apoyados por otras gentes de Trasmiera y Enrique IV tuvo que conceder a Santander el título de "Noble y Leal". 

Otro gran señorío fueron los Manrique, con po- sesiones por toda Cantabria: Iguña, Rionansa, Castañeda, Val de San Vicente, Aguilar de Cam- poo... con centro en la villa de Cartes, una de las más importantes de las Asturias de Santillana, donde aún se conservan  sus torreones góticos.

También protagonizaron escenas bélicas, como la toma del Valle de Toranzo por la fuerza. El señorío de los Velasco, se extendió por toda la zona oriental de Cantabria y norte de Burgos. En 1392 recibieron de María de Molina los valles de Ruesga y Soba y se fueron infiltrando en Trasmiera y Vecio, haciéndose en 1440 con Villaverde de Trucíos. 

Su centro señorial estaba en Medina de Pomar, donde todavía se conserva su castillo. Chocaron contra los linajes locales, como los Agüero en Trasmiera y los Ezquerra de Rozas en Soba.

Otros señoríos serían el Condado de Buelna, concedido en 1431 al al- mirante Pero Niño, el de los Beltrán de Guevara en Escalante y Valdáliga y muchos otros menos poderosos, conformados en linajes y bandos envueltos en continúas luchas. 

Fue un periodo de alianzas y traiciones hasta que a finales del siglo XV intervienen los Reyes Católicos para poner fin a este ambiente de guerra, derribando numerosas torres.

El Pleito de los Valles