Cuando comienza el siglo XI, Cantabria ha vuelto a pasar a segundo plano, puesto que queda como retaguardia, ca- da vez más alejada de los territorios en guerra. 

La situación política es la misma,  Lié- bana está adscrita al reino de León y el resto de Cantabria al de Castilla, hasta que en el año 1035 Trasmiera pasa al reino de Navarra.

Poco a poco se implanta el sistema feudal que comienza antes en Liébana ( más densamente poblada y más cerca de la corte astur ). Es un periodo de gran poder para la Iglesia, en posesión de muchas tierras, con gran activi- dad colonizadora y de enorme influencia ideológica. Es el momento de esplendor de los monasterios. 

En Liébana, de entre los más de 20 surgidos durante la Repoblación, destacan dos: San Martín de Turieno ( San- to Toribio desde el siglo XII ) y Santa María de Piasca en Liébana. Las posesiones de estos dos monasterios se extendían por toda Liébana, Asturias y norte de León y Palencia. 

En Asturias de Santillana, el dominio más importante co- rrespondió al monasterio de Santa Juliana, de donde tomó el nombre la villa de Santillana, conocida hasta el momen- to como Planes. Mantendría su independencia como aba- día hasta el final de la Edad Media.

También destacaron en esta zona los monaste- rios de San Emeterio y Celedonio en Santander, así como el de la Santa Cruz en Castañeda. En Trasmiera, el más destacado fue el monasterio de Santa María del Puerto, origen de la actual Santoña, con posesiones por toda Trasmiera y oriente de Cantabria.

Campoo estaba controlado por tres importantes monasterios: San Pedro de Cervatos, San Martín de Elines y Santa María de Aguilar de Campoo. En este periodo cambia el sistema económico para dar más importancia a la agricultura que a la ganadería.

Además se obliga al pueblo a delimitar los terrenos, con lo que la propiedad común se vuelve privada, se rompe la tradicional familia o clan numeroso con el establecimiento de la monogamia y el castigo del adulterio y se conceden títulos a los miembros más destacados de la población. 

La unidad económica más pequeña es el solar, donde se encuentra la casa y tierras de una familia. No obstante la población se va agrupando, continúa el periodo de expansión demográfica, aparecen nuevas aldeas en torno a monasterios, explotaciones familiares, iglesias... 

Tan solo en estos dos siglos se fundan unas 200 de estas aldeas, regidas por dos instituciones: El Concejo ( inicialmente regido por los poderosos, después se haría más popular ) y la parroquia. Las diversas aldeas de una cuenca fluvial suelen formar un valle, algunos de los cuales siguen teniendo vigencia hoy, con sus costumbres y tradiciones arraigadas en lo más profundo.

Las cuatro villas de la costa: Siglos XII - XIII

En el siglo XII tenemos una Cantabria dominada por los grandes monasterios y unos pocos señores, con una parte del campesinado libre y otra en régi- men feudal. En lo político, Liébana se incorpora al reino de Castilla. Alfonso VIII consolida la monarquía, refuerza la economía y desarrolla un gran po- tencial naval para los conflictos. 

También contrarresta el creciente po- der de la nobleza creando villas afo- radas, donde se potencian los Conce- jos, se anulan las dependencias feudales, se reconoce a la burguesía y se dan privilegios a los habitantes. Las villas con fuero despegan con un fuerte crecimiento económico, demo- gráfico y urbano.

Así, en el año 1163 concede el fuero a la villa de Castro Urdiales, en el 1187 a Santander, en el año 1200 a Laredo y en el 1210 a San Vicente de la Barquera. En el caso de Castro, Laredo y San Vicente de la Barquera, se trata de villas de realengo, donde un mandante es la autoridad sobre la villa y territorio cercano.

En cambio, Santander y Santillana son villas de abadengo, regidas por los abades de San Eme- terio y Santa Juliana. 
En los siglos posteriores, las llamadas cuatro vi- llas de la costa ( Castro, Laredo, Santander y San Vicente de la Barquera ) crecen económica- mente a buen ritmo:  exportan al norte de Europa y luego al Mediterráneo lana castellana, aumen- tan su actividad pesquera, comercian con Casti- lla y se convierten en los astilleros más importan- tes. Los impuestos o diezmos de la mar, primero van para la catedral de Burgos y luego al Con- destable de Castilla, Pedro Fernández de Velas- co, convertido después en señor de Trasmiera ( su linaje manejaría durante siglos el destino de Cantabria ). 

El crecimiento urbano es similar en todas ellas. Se asientan en un promontorio o terreno elevado con iglesia, castillo, puebla vieja y, posteriormente puebla nueva. El conjunto se amuralla y la expansión continúa extramuros con los arrabales. Santander tenía a fines de siglo XIII 25.000 habitantes, seguida muy de cerca por las otras tres villas.  

Otro fenómeno es la cantidad de población del interior que atraen estas villas, atraída muchas veces por las ferias y mercados. Todo ello deriva en la creación de nuevas poblaciones en el camino a estas villas.

A cambio de estos privilegios se solicitaron las naves y hombres de las villas de la costa en las campañas militares por la conquista de Murcia y Andalucía. En 1245 una flota comandada por Roy García de Sant Ander colabora en la con- quista de Cartagena. 

En 1248, el almirante Bonifaz Camargo forzó con naves cántabras el acceso fluvial de Sevi- lla, rompiendo las cadenas. Este ataque desde el Guadalquivir quedó inmortalizado en los escu- dos de Santander, Laredo y Comillas. Las villas de la costa cántabra y las vascas, formaban en 1296 la Hemandad de las Marismas, una unión para defender sus intereses comunes.