La Reserva natural incluye también encinares, matorrales, praderías, pastizales, playas y dunas. En estas zonas se han detectado 33 especies de mamíferos. Lo que más llama la atención es el impresionante espectáculo de miles de aves, que a lo largo y ancho de la misma se mueven sin cesar. Podemos observar aves en todas las estaciones del año, aunque los mejores meses comienzan en agosto y septiembre, con la llegada de las garzas y limícolas. Después comienzan a llegar en octubre y noviembre los primeros gansos y patos, hasta que a finales de diciembre y comienzos de enero, se produce la mayor concentración de aves en la Marisma.  

Es entonces cuando la marisma alberga una población de 10.000 a 20.000 aves, de 50 especies diferentes. Una de las aves que destaca por su singularidad y rareza es la espátula ( Platalea leucorodia ), ave de blanco plumaje, que migra desde sus colonias de reproducción en Holanda, hacia el sur sobrevolando las costas de Francia, para llegar a las Marismas de Santoña, donde descansarán durante unos días, antes de proseguir su viaje hacia Africa. Entre las numerosísimas especies que podemos observar, están las garzas reales y garzetas que recorren las marismas en busca de peces.

Los ánades reales, ánade silbón, tarro blanco, pato cuchara..., buscan entre las plantas acuáticas que se extienden sobre la Marisma. Los patos buceadores se sumergen bajo las aguas más profundas de la marisma, en busca de pequeños invertebrados y algas. Los cormoranes grandes secan sus alas al sol, después de haber estado pescando con la pleamar en la ría. La gran familia de los limícolas, formado por más de 30 especies diferentes de aves, todas ellas especializadas en este ecosistema, exploran cama palmo de fango, en busca del preciado alimento, en el que se encuentran pequeñas larvas y gusanos, que son capturados gracias al especializado pico, fino y largo, que introducen una y otra vez en el limo. El zarapito real, el correlimos común, el chorlito gris, la aguja colinegra, el archibebe común... son sólo un ejemplo de las especies de este orden, que aquí se pueden observar. 

Las gaviotas, charranes y aves marinas en general, que con fuertes temporales en el mar, recalan algunos días, en busca de alimento y descanso, y entre las que podemos observar la gaviota sombría, el charrán patinegro, el alca o el colimbro ártico, entre otros. Asimismo las aves depredadoras o rapaces tienen en las Marismas de Santoña sus representantes como son los milanos negros, el halcón común, o la lechuza campestre. Otras aves de menor tamaño, han elegido el carrizo o los cañizares de aguas someras, para instalar sus nidos en primavera. Tal es el caso del carricero común, el zampullin chico o el misterioso rascón. Todo esto y aún más es posible contemplar en estas excepcionales Marismas, unas de las más importantes en el norte peninsular.

Las marismas exteriores son alimentadas por el mar y también por mínimos arroyos que en ellas desaguan al norte de las rías de Escalante y Santoña, delimitando las marismas de Cicero que conforman la mayor superficie del área de marismas protegidas antes señaladas.

El encuentro de aguas salobres y pluviales dan lugar a esta extensa superficie de aguas que sobre fondos someros combinan múltiples formas de vida tanto vegetal como animal.

Los aportes de agua dulce que llegan a la marisma de Escalante, lo hacen desde los arroyos de Rionegro, Cantijos y Lamadrid, en la localidad de Gama. Tales arroyos producen unos ondulantes canales, donde el paisaje, la vegetación y las anátidas, son sus principales valores naturales.

La marisma de la Saca, situada al comienzo de la carretera que une Cicero con Santoña, posee un singular paisaje caracterizado por la abundancia de árboles secos con los troncos saliendo del agua. Las ramas son el lugar elegido por varias decenas de Garcetas Comunes para descansar, de forma que este enclave se ha convertido en su principal dormitorio dentro de la Reserva.

Sin embargo, el lugar de principal interés ecológico es el playón de Cicero, que situado en mitad del estuario, constituye la mayor superficie seca del mismo durante las bajamares. La gran llanura fangosa que deja la marea al descubierto va desde el canal de Ano hasta el canal de San Jorge. Sobre todo aquí, se da una intensa actividad marisquera debido a la extraordinaria riqueza de moluscos con interés comercial que aquí se desarrollan, especialmente Almejas Finas y Navajas Rugosas. Además de las especies de aves que ya hemos nombrado, el playón y las aguas que lo cubren al subir la marea, reciben de manera ocasional, la visita de Cisnes Barnaclas, Tarros Blancos y Gansos que recalan aquí durante sus viajes migratorios. También las espátulas pescan habitualmente en estas orillas. Los prados de siega ganados a la marisma, situados en la parte baja de Cicero y Treto, también albergan una avifauna interesante. La realización de actividades agrarias extensivas permite que ciertas especies como la Agachazidas, las Avefrías o las Becadas, los utilicen para descansar y alimentarse.

Atravesando la plantación de eucaliptos que discurre entre Cicero y Treto se llega hasta la vía del tren. Siguiéndola en dirección a la estación de Treto, encontramos unas pequeñas charcas donde los Carrizos crecen en abundancia. Entre ellos podemos ver con relativa facilidad Gaviotas Reidoras y Patiamarillas, Pollas de Agua, Fochas Comunes, Porrones Comunes y Moñudos, Cercetas Comunes y Carretonas, Anades Reales y otros patos desde una corta distancia. 

Entre las zarzas y arbustos de los alrededores es frecuente encontrar revoloteando o interpretando melodiosos trinos a muchos pajarillos como Chochines, Petirrojos, Jilgueros, Verdecillos, Tarabillas, Pardillos y Verderones Comunes, además de Zorzales, Mirlos y grandes bandos de Estorninos Pintos que se alimentan sobre los prados alternándose con las Bisbitas Comunes y Lavanderas Blancas. Tampoco es rara en primavera la presencia de Cornejas Negras, Urracas, Cernícalos Vulgares y Milanos Negros que cubren una parte de la dieta a expensas de pequeños pájaros y sus nidadas.

Disfrutar de un paraje tan rico en vida y naturaleza como son las Marismas de Santoña y observar las aves marinas no son un actividad reservada únicamente a profesionales y entendidos.

Cualquiera puede experimentar la gratificante experiencia de observar el vuelo majestuoso de la garza real, el gracioso chapoteo de la focha intentando remontar el vuelo, los llamativos colores del ánade real o las graciosas posturas del cormorán grande cuando pone sus alas a secar. Para ello basta con tener ganas, un poco de paciencia y seguir unos sencillos consejos y recomendaciones. La época ideal para la observación es, como decíamos, a partir de Agosto - Septiembre, momento en que comienzan a llegar las aves.

A finales de Diciembre y comienzos de Enero es la época en que se concentran mayor número de aves. Los días fríos son los mejores por lo que se recomienda llevar ropa de abrigo y, preferiblemente sin colores chillones ni llamativos. Conviene llevar un calzado apropiado para el agua, dado que probablemente pisaremos sobre terrenos encharcados.

Para un mayor disfrute de las aves, hay dos elementos casi imprescindibles, unos buenos prismáticos con una relación aumentos - lumisodidad de 10x50 ( también sirven 8x30 y 12x60 ) y una guía de campo que recoja las especies que vamos a encontrar ( no es complicado hacerse con guías sobre aves acuáticas ). Una vez en las marismas se aconseja mantener silencio y moverse con cuidado. Las observaciones deberían de hacerse durante las horas con mejor luz y cuando sube la marea, evitando el sol de frente.